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敦煌自然博物馆始建于2002年，其前身是2004年投入运行的“敦煌市野生动植物标本馆”，是由时任敦煌市林业局局长的吴局长发起，刘兴武、高春生、张坤等三名热衷于生态保护人士的响应并投资建成。从运行起历经4年，每年都接待游客和中小学生达上万人次，取得了良好的社会效益和经济效益，受到社会各界好评。2006年底，管理局谋划筹建“敦煌自然博物馆”并启动了工程。
《敦煌自然博物馆》展区面积约5000多平米，其中室内展厅面积4565平方米，分上下三层。展区包括主展厅、多功能厅和庭院展区三部分共12个功能展区。其中主展厅6个：一是序厅和服务厅，二是自然环境厅、三是弧幕体验厅、四是动物厅、五是植物厅、六是生态保护厅。还有辅助展厅6个：一是4D动感影院（多媒体厅）、二是主中厅（多功能厅）、三是两个庭院展区（生态园）、四是多功能接待厅和特产工艺品展销厅。
