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在中国的大西北，今甘肃省河西走廊的最西端的敦煌，是古代中原进入西域的门户。古敦煌的地域范围，包括党河流域和疏勒河流域的广大地区，即今天的敦煌市、安西县、玉门市、肃北蒙古族自治县和阿克塞哈萨克自治县，总面积约168000平方公里。这里曾是连接着东西方文化的陆上丝绸之路的必经之处，在中国历史的舞台上扮演着重要的角色。其历史更是源远流长，从新石器时代的刀耕火种到两汉时期的归汉设郡，从魏晋南北朝时期的几易其主到隋唐时期的闾阎相望，从吐蕃时期的大力弘佛到归义军时期的苦心经营、西夏元明清时的日渐衰落；可以说敦煌展现出了中国各个不同时期的风貌。
一、上古时期
敦煌有人类活动的历史可以追溯到距今四千年前的新石器时代。在今敦煌县南湖乡的墩墩滩和安西县双塔水库等地，曾经出土过大量这一时期的石刀、石斧等史前遗物。1976年在玉门市的火烧沟遗址发掘中，出土了公元前1600年以前的生产工具和农作物及各类装饰品；也就是说这一地区在相当于夏代的时期，就已有了高度发达的农业。此外，在敦煌境内还有著名的三危山，所以历史上也曾把这一地区称作“三危”。在《尚书》中就曾有“窜三苗于三危”一语，所以不少人认为这里的“三危”就是敦煌，但也有不少的学者认为敦煌与《尚书》中的“三危”无关；后者的观点得到大多数人的赞同。
关于“敦煌”一名的含义，也众说纷纭。《汉书·地理志》中注释“敦煌”二字的意义时说：“敦，大也。煌，盛也。”认为敦煌是一个繁华的城市。《元和郡县图志》中解释说：“敦，大也，以其广开西域，故以盛名。”认为此地对于广开西域有重要作用，所以名之为敦煌。对于敦煌的汉名解释，一些研究者提出了不同的看法。许多学者都认为“敦煌”一词应是当地土著少数民族所呼地名的音译。但到底是哪一个少数民族对地名的称呼，学术界也莫衷一是，有匈奴语音译、吐火罗的音译、羌语的音译、氐人命名等多种说法。此外，还有学者认为，“敦煌”一词既不是汉语语词，也不是少数民族语词，而可能与希腊人有关。现在得到大多数人认同的是“敦煌”为少数民族语词的音译。
敦煌有可靠文字记载的历史最早可以上溯到春秋战国时期。当时，河西走廊的主体民族是月氏人，他们的游牧区域以敦煌和祁连山为中心，东达河西走廊东部和陇右地区，西入塔里木盆地东部和天山东部地区。而当时的敦煌地区则是乌孙人放牧和繁衍生息之所。此外，敦煌地区还有塞种胡，其人“本允姓之戎，世居敦煌，为月氏迫逐，遂往葱岭南奔。”大约在秦朝末年，月氏的势力日益强盛，击败了同在河西走廊游牧的乌孙人，迫使乌孙西迁到天山以北地区，月氏则占有了敦煌。此时的月氏极为强大，甚至于以强悍著称的匈奴人也不得不把首领的儿子冒顿入质月氏。秦汉之际，匈奴在首领冒顿单于的率领下强大起来，先是打败东胡，又趁中原战乱之机夺取了河套以南的鄂尔多斯地区，然后西击月氏，迫使月氏人大举西迁。河西走廊从此归入匈奴治下，包括敦煌在内的河西走廊西部由匈奴浑邪王统治，东部则由休屠王驻守。此后，匈奴又向南吞并楼烦王、白羊王、河南王的领地，并控制了西域，就连新立的汉王朝也受其侵扰。匈奴占据河西和西域之后，除了在占领区征收赋税之外，还严重的破坏和阻碍着中西交通；并与羌人连结，严重威胁着汉朝的安全。
二、两汉时期
西汉初年，久经战乱的汉王朝社会经济极端残破，统治阶级内部也矛盾重重，根本无力对匈奴的侵扰进行反击，所以用和亲、赠送缯帛等方式缓和与匈奴的关系，换取短暂的和平。但西汉王朝的”和亲”政策并不能满足匈奴奴隶主贵族的贪欲。匈奴经常侵扰汉朝的边郡，杀掠人民。《盐铁论》上载：”汉兴以来，修好，结和亲，所聘遗单于者甚厚；然不以重质厚赂之故改节，而暴害滋甚”，”匈奴数和亲，而常犯约””反复无信，百约百叛。”经过七十多年的休养生息，汉王朝日渐富强。公元前140年，汉武帝即位，此时国力充实，而且经过平定”异姓诸王”和背叛和同姓王的”七国之乱”之后，中央集权大大加强，于是开始筹划反击匈奴。公元前138年张骞受遣出使西域，目的是联合月氏共同攻打匈奴。此次出使的目的虽未达到，却给汉王朝带回了丰富的有关匈奴及西域的情报。公元前133年的马邑之谋揭开了抗击匈奴的序幕，它是西汉王朝与匈奴由”和亲”到战争的转折点。公元前127年的河南之战，汉王朝收复了”河南地”。元狩二年（前121年）春，将军霍去病率军越过祁连山，进击河西走廊的匈奴。同年夏，霍去病再次进入河西，重创匈奴。河西之战的胜利，使匈奴失去了水草丰盛、宜于牧畜的祁连山和焉支山，匈奴受到重创，有歌曰：”亡我祁连山，使我六畜不蕃息；失我焉支山，使我妇女无颜色。”河西的匈奴在一年之内连遭两次打击，已不堪支持，而单于又将责任推卸为浑邪王和休屠王的无能，”欲召诛之，昆邪、休屠恐，谋降汉。”他们派人与在黄河沿岸修筑边塞的将军李息联系，李息即上奏。汉武帝恐其诈降，派霍去病迎降，此时休屠王反悔，为浑邪王所杀，收编其众。霍去病也当机立断，率军驰入浑邪王营中，”斩其欲亡者八千人”，尽将其众渡河东进，此次匈奴降汉者共四万余众。浑邪王被护送至长安，受到汉武帝的隆重接待，并封浑邪王及亲信数人为侯，将匈奴部众安置于原陇西、北地、上郡、朔方、云中五郡故塞之外。汉王朝于同年置武威、酒泉二郡，敦煌地区归酒泉郡管辖。元鼎六年（前111年），分武威、酒泉两郡之地，设张掖、敦煌二郡。并在此时将长城从酒泉修筑到敦煌以西，于敦煌郡城的西面，分设玉门关和阳关，扼守西域进入河西和中原的大门，完成了”列四郡，据两关”之势。河西地区从此正式归入汉朝版图。
敦煌从酒泉郡划出，是由于其重要的地理位置，便于汉王朝扩大灌溉农业区和进一步在军事上控制西域。最初的敦煌只是一个很小的郡，但它的发展很快。西汉时敦煌郡下辖敦煌、冥安、效谷、渊泉、广至、龙勒六个县，包括今天的敦煌市、安西县、阿克塞哈萨克族自治县和肃北蒙古自治县的一部分，总面积约八万平方公里。其具体情况如下：敦煌县，郡县所在，在今敦煌城西南；冥安县，以冥水得名，主要分布于冥水支流的下游绿洲，其四境东至冥水，南至大雪山，北至乱山子，西接广至县境，大致相当于今安西县布隆吉一带；效谷县，本是渔泽，汉孝武帝时，崔不意为渔泽尉时，教人力田得谷，因勤效得谷，所以名之为效谷，有学者考证，其位置大至在今敦煌城东北二十公里的黄渠乡戴家墩城堡遗址；渊泉县，因其地多泉水而得名，东汉时改名为拼泉，大致在今安西县之东四道沟一带；广至县，大致在今安西县南踏实乡破城子一带；龙勒县，因县南180里有龙勒山而得名，在今敦煌市南湖乡一带。
为了保障河西地区的安全，汉王朝还在这里建立了一整套的军事防御体系。元狩二年之后，修筑从令居到酒泉的长城；元封五年，修筑酒泉至玉门的长城；天汉年间，修筑敦煌至盐泽的长城。并在长城沿线置烽燧亭障，“汉边郡烽火候望精明，匈奴为寇者少利，希复犯塞”。此外，还在今甘肃省西部敦煌市与安西县之间的龙勒山上置悬泉置，是为马递为主的邮驿。为了巩固这一军事要地，汉王朝一面迁徙内地的贫民、囚犯来此定居，一面征发大批兵士到此戍守。向河西移民的对象，据《汉书·地理志》载：“其民或以关东下贫，或以报怨过当，或以背逆亡道，家属徙焉。”也就是说这些人主要是生活无着的农民、刑事犯罪者和有叛逆罪的政治犯。此外，还有一些是自愿迁徙到河西的，也有的是屯田戍卒在服役期满后自愿留下，也有被强制迁徙到河西的不数民族。中原人士的迁入，改变了河西地区的民族结构，带来了中原地区较为先进的生产技术，促进了敦煌地区农业的发展。为了解决众多移民和军士的粮食问题，汉王朝河西推行屯田政策。屯田是且守且耕，亦农亦兵，军事活动与农业生产相结合的一种措施。戍边是汉代农民的徭役之一，因此汉政府以戍边名义，征发大批的农民到边疆和新占领区去戍守或田耕。在屯田的名义下，他们一方面守边，一方面从事农业生产。汉代边郡的屯田规模很大，为了便于管理，不设置了专门的管理机构和组织系统。屯田的收获，不仅解决了边防的给养，供应往来丝绸之路的使者和商人，还可以在市场上出售，以资调节。当内地发生灾害时，还能调拨屯田积谷用以赈灾。河西的屯田，使封建的生产方式得以在当地推行，而且达到了预期的效果，边郡粮库充足，戍边力量加强，遏制了匈奴奴隶主骑兵的掠夺。到太初元年（前104年），李广利西征大宛的时候，敦煌郡已是可以安排六万兵士、十万头牛、三万匹马奔赴前线的重要军事基地了。
西汉末年，中原战乱，河西地区却相对稳定，许多中原大族避战乱而西迁此地。公元一世纪初，就有不少三辅（京兆府、左冯翊、右扶风）地区的人前往河西。《后汉书·孔奋列传》就记载了孔奋因天下扰乱，想找一个安定富庶的地方侍奉老母，遂选中河西；《后汉书·窦融列传》则记窦融从政治、经济、军事上考虑，认为河西殷富，兵精粮足，地势险要，是乱世“自守”、“遗种”之地。窦融任“张掖属国都尉”之后，借其祖弟累世任官河西的声望，广交地方官吏，联络周边羌胡，使“河西翕然归之”。后酒泉太守梁统、敦煌都尉辛彤、张掖都尉史苞、金城太守厍钧、酒泉都尉竺曾等人共推窦融为“行河西五郡大将军事”。河西在窦融的统治之下，“上下相亲，晏然富殖。修兵马，习战射，明烽燧之警”“稀复侵寇，而保塞羌胡皆震服亲附，安定、北地、上郡流人避凶饥者、归之不绝”。大族的到来，不仅为河西带来了大量的生产力和先进的生产技术，更重要的是带来了中原的文化。东汉建立以后，光武帝刘秀对据有“河西完富，地接陇蜀”的窦融也很重视，特“赐融玺书”，并“授融为凉州牧。”但东汉时期，河西东部地区常常受到羌人的侵扰，西部相对平安。与此同时，北匈奴日益崛起，而东汉王朝却日益衰落。匈奴重新控制西域，汉朝在西域的统治逐渐崩溃，代替西域都护主管西域事务的护西域副校尉长驻敦煌，敦煌太守则成为汉朝在西域地区采取军事行动的实际负责人，敦煌成为当时汉王朝控制西域的军政中心。
三、魏晋南北朝时期
东汉末年，中原陷入了军阀的割据混战之中，最后形成了魏、蜀、吴三国鼎立的局面。敦煌地区在曹魏的统治之下，生产有了进一步的发展。西晋虽经历了短期的统一，但八王之乱、永嘉之乱很快就将西晋推入了灭亡，之后晋室南迁，北方少数民族入主中原，大批中原人士西迁。十六国时期（304-439），敦煌先后归属于前凉、前秦、后凉、西凉、北凉五个政权。
曹魏在统一北方之初，无暇顾及河西，到魏文帝曹丕时，在河西继续西汉以来的屯戍政策，并任命尹奉为敦煌太守。魏明帝太和元年（227年），仓慈继任敦煌太守。当时，由于东汉以来形成的豪强大族的势力日益强大，兼并土地之风盛行，豪强们还压榨农民，敲诈勒索西域商贾。针对这种情况，当时的凉州刺史徐邈和敦煌太守仓慈抑制豪强，解除豪强的私人武装，限制豪强兼并土地，打击了豪强大族的器张气焰。仓慈还抚恤贫下，鼓励异族通婚，并为商人提供贸易和交通上的便利条件，这些措施使得敦煌地区社会安定，生产和商业都有了较大的发展。仓慈之后，王迁、赵基相继出任敦煌太守。齐王嘉平元年（249年），皇甫隆出任敦煌太守，改变了敦煌妇女在穿衣方面的落后习俗，大力推广中原的先进生产工具和耕作技术，敦煌的农业得到进一步发展。
前凉张氏的统治中心虽在武威，但敦煌仍是当时的西域重镇。张轨大量依靠敦煌人士如宋配、阴充、阴澹、氾瑗等人为其运筹，由于这些人的辅佐，河西生产有了较大发展，人口有所增加，使张轨能“威著西州，化行河右”。张骏太元二十二年（345），敦煌、晋昌、高昌三郡和西域都护、戊己校尉、玉门大护军三营合并成为沙州，治所敦煌，以西胡校尉杨宣为刺史。杨宣任内，曾组织民众兴修水利，建五石斗门，堰水溉田，建成十五里的“阳开渠”；他还曾用自家的万斛粮食买石头修理城北北府渠上的平河斗门。此外，沙州太守阴澹也曾于任内在城西南修七里长渠，可将州城西南的水引自西北的水渠，灌溉城西的大片土地，使这一地区的百姓受益不少，安居乐业，故此渠被称为“阴安渠”。
前秦于苻坚建元十二年（376），灭前凉，将包括敦煌在内的河西地区归入治下。十八年（382），派吕光攻龟兹。建元二十一年（385），为巩固经营西域的基地，苻坚迁江汉百姓一万户、中原百姓七千余户到敦煌。大批中原士族和百姓的到来，又一次促进了敦煌地区的开发。此后不久，前秦便因淝水之战的失利而瓦解。386年，吕光从西域返回河西，在凉州建立了后凉政权（386-403）。麟嘉七年（395），后凉内乱，西奔敦煌、晋昌的武威、张掖以东之人有数千户之多，敦煌又一次输入了大量的人力。此外，后凉的敦煌太守孟敏曾在州城西南主持修建了长二十里的水渠，引甘泉水灌溉农田，人称“孟授渠”，促进了当地农业的发展。400年，李暠在敦煌自称冠军大将军、沙州刺史，建立了独立于后凉政权的割据政权-西凉。敦煌在历史上第一次成为一个独立政权的都城。西凉政权统治时期，建立了县、乡、里三级行政管理机构，实行严密的编户制度，并鼓励生产，敦煌地区出现了五谷丰收，百姓乐业的景象。李暠在敦煌城内为其父立先王庙；修建恭德殿、靖恭堂、嘉纳堂、谦德堂，主持朝政、参阅武事；并设泮宫，增高门学生五百人。于阗、鄯善等西域王国也来此朝贡，敦煌俨然有都城之派。但沮渠蒙逊建立的北凉政权（401-439）对西凉构成很大威胁，使得李暠不得不于建初元年（405）迁都酒泉。此次迁都，还带走了敦煌两万三千人户，敦煌实力大为削弱。再加上西凉将注意力转向东方，敦煌失去了经营西域的基地作用，因此当417年李暠去世之后，敦煌也随之衰败。嘉兴四年（420），北凉灭西凉，西凉王李歆弟李恂据敦煌继续抵抗。421年，沮渠蒙逊率部以水灌敦煌城，李恂派壮士出城掘堤，均被擒获。李恂最后兵败自杀，沮渠蒙逊屠城，敦煌丁壮遭灭顶之灾，敦煌城更加衰落。
北凉时期的敦煌衰微，没有特别的事迹。北魏太延五年（439），拓跋焘攻占姑臧，沮渠牧犍投降，北凉实际灭亡，仅凉王诸弟仍在河西西部抵抗，其中沮渠无讳据守敦煌。442年，无讳撤离敦煌，率万余家西渡流沙，占据鄯善，后入高昌，仍号“河西王”。北凉王族的这次撤退，带走了大批的敦煌户口，其中绝大部分是因北魏从东向西进攻而聚集敦煌的河西精英。在北凉灭西凉和北魏灭北凉的两次兵祸之中，敦煌遭到了前所未有的破坏。
442年，西凉王李暠之孙李宝乘沮渠无讳撤离之机，占据敦煌，并派李怀达入魏归降。北魏封李宝为沙州牧、敦煌公。444年，北魏召李宝入平城，直接控制敦煌，为经营西域和抗击北方的柔然，于此建敦煌镇。太平真君六年（445），北魏太武帝派成国公万度归发凉州以西兵，出敦煌，西击鄯善，后更破焉耆和龟兹。此战使西域大部分都为北魏所控制，丝绸之路再次打通，西域商人纷纷前来贸易。但好景不长，北方的柔然在此时控制了敦煌以西的西域地区，并直接控制了与敦煌最为接近的吐鲁番盆地。延兴二年至四年（472-474），柔然连犯敦煌，多者至三万骑。敦煌军民在镇将尉多侯、乐洛生的率领下，几败敌军，保住了敦煌。但在严峻的形势面前，北魏上层对是否要继续保有敦煌发生了分歧，不少人建议后撤凉州，放弃敦煌。给事中韩秀则认为，如果放弃敦煌，不仅凉州不保，关中也无宁日。孝文帝支持韩秀的意见，为加强敦煌的守备，升敦煌镇将为都大将。太和九年（485），穆亮任敦煌镇都大将，其为政宽简，并赈恤穷乏，敦煌经济得到恢复。492年，北魏出兵十万，击败柔然，敦煌从此得到安宁，但长年的征战和人口的流失，造成了这一地区“空虚尤甚”的局面，很难迅速恢复。
正光五年（524），北魏的北方边镇爆发六镇起义。八月，孝明帝下诏改镇为州，敦煌因盛产美瓜而名之为“瓜州”（一度易名为“义州”），辖敦煌、酒泉、玉门、常乐、会稽五郡，治所敦煌。六镇起义也影响到了河西，为加强河西统治，孝昌元年（525），明元帝四世孙元荣出任瓜州刺史。永安二年（529），元荣受封为东阳王。由于敦煌地处西北一隅，未受到北魏末年战乱的太大影响，即使在东、西魏分治的时期，元荣仍作为西魏的瓜州刺史，其统治直到大统十年（544）。元荣统治敦煌近二十年，他团结敦煌豪右，保境安民，并出资写经十余部，还在莫高窟开凿大型石窟。此时敦煌的经济文化得到了恢复和发展。元荣逝后，其子元康继任刺史之位，但元荣女婿邓彦杀康自立，西魏不得以而承认。大统十一年（545），西魏河西大使申徽至敦煌，在当地大族令狐整等人的协助下，捉拿邓彦，并将其送至京师治罪。546年，申徽任瓜州刺史，为政勤简，人民得以安居乐业。
557年，宇文觉立北周，与高洋北齐对垒。北周取代西魏之后，继续在敦煌设置瓜州，据《周书》记载，韦真、李贤曾为瓜州刺史。565-576年前后任瓜州刺史的建平公于义，继续了元荣在莫高窟开窟造像的活动，有碑云“建平、东阳弘其迹”。建德三年（574），北周武帝灭佛，但瓜州的佛教似乎只是开窟造像的短暂停歇，而并未受到多大的影响。
值得一提的是，自汉以来，河西地区特别是敦煌，已是文化极盛之地，文人学士大量涌现。从张轨出牧凉州起，就保境安民，兴办文教，选拔人才，为河西的地主阶级创造了保存和发展自己家族和家学的有利条件，从而吸引了不少的中州人士流向河西。河西的文人学士，多出西州大姓，如安定张氏、陇西李氏、略阳郭氏、西平田氏、金城宗氏以及敦煌宋、阴、索、氾等，都是儒学大姓。河西的敦煌儒士不仅在数量上占有优势，在学术成就上也遥遥领先。此外，他们还兴办学校，聚徒授业，传播和发扬传统文化。这些在当时中原动荡、京洛公学沦废，学术下移的背景下，为保存中国传统文化作出了重要贡献。
四、隋至唐前期
557年北周灭北齐，581年杨坚废周立隋，589年隋灭陈，统一中国。大一统的中国、强大的中央集权和敬奉三宝的统治上层为敦煌的兴盛奠定了基础。开皇初年，隋文帝曾“罢天下诸郡”，改州郡县三级制为州县两级制，敦煌出曾一度废郡为县。仁寿元年（601），隋文帝令天下各州起塔供养舍利，瓜州莫高窟的崇教寺也在其列。此时的敦煌由于魏晋南北朝时期的衰败，虽曾经东阳、建平时期的恢复，仍不能与河西其它诸州比肩，故隋代经营西域的基地在张掖。但隋代在莫高窟开凿了大批的石窟，敦煌地区甚至还出土了一些隋皇室成员的写经，可见隋王朝对敦煌的重视。大业三年，罢州置郡，敦煌复称敦煌郡。随代以前，中西交通的丝绸之路只有南北两道。隋时，不仅以前的道路更加畅通，而且新增一道，即新北道。这样，隋通西域的道路共有三条：北道（又叫新北道），出自敦煌至伊吾，经蒲类、铁勒部，度今楚河、锡尔河而达西海；中道（汉代的北道），出敦煌至高昌，经焉耆、龟兹、疏勒，越葱岭，再经费尔干纳、乌拉提尤别等地而至波斯；南道，出敦煌自鄯善，经于阗、朱俱波、渴盘陀，越葱岭，再经阿富汗、巴基斯坦而至印度各地。
大业十三年（617），李轨在武威举兵反隋，自称凉王，控制河西。李唐在长安立足之后，于武德二年（619），利用凉州粟特安氏的势力，从内部推翻李轨政权，将河西正式纳入版图。唐王朝占领河西后，曾一度将隋代的敦煌郡改名为瓜州。
唐初的敦煌地区并不稳定，内有割据势力之忧，外有异族侵扰之患。武德三年（620），瓜州刺史贺拔行威举兵反唐。五年（622），瓜州土豪王干斩贺拔行威，归降唐朝。唐将瓜州分为两州：即瓜州和西沙州。瓜州治所原在晋昌县，领晋昌、常乐二县；西沙州治所在敦煌，邻敦煌、寿昌二县。六年，当地人张护、李通叛乱，拥立窦伏明为主。唐瓜州刺史赵孝伦平叛，窦伏明归降，敦煌内部的动乱至此平息。但外患不止，敦煌以西、以北受控制漠北和西域的突厥汗国的威胁，以南则受到吐谷浑的侵扰。所以在武德末、贞观初，唐朝关闭西北关津，不许百姓于此出境。贞观元年（627）玄奘西行求法之时，是从瓜州、敦煌间偷渡出去的。
贞观四年（630），唐朝向漠北出兵，消灭了东突厥汗国，东突厥控制下的伊吾也归降唐朝，立为伊州。七年（633），唐朝去掉西沙州的“西”字，敦煌正式名为沙州。九年（635），唐朝出兵青海，击败吐谷浑，河西走廊从此不再受外部的干扰，开始稳步发展。贞观十四年（640），唐太宗出兵吐鲁番，灭鞠氏高昌，设西州，并在天山北今新疆吉木萨尔一带设高庭州，其建制一同内地；此外，还于西州交河县设安西都护控制西域。在唐灭高昌的战役中，有敦煌、常乐地区的文武官员和士兵参加，敦煌又一次成为中原王朝进军西域的军事基地。十八年（644），唐出兵焉耆。二十二年（648），攻龟兹。高宗永徽二年（651），西突厥阿史那贺鲁反唐，唐朝进军西域受阻。显庆二年（657），唐朝打败阿史那贺鲁，夺回对西域的宗主权。显庆三年（658）五月，唐迁安西都护府于龟兹，设龟兹、于阗、焉耆、疏勒四镇，即“安西四镇”。但自龙朔二年（662）开始，吐蕃王国就与西突厥余部联合，与唐朝争夺西域。咸亨元年（670），吐蕃攻占西域十八州，唐一度废安西四镇。但此后不久，唐朝就收复失地，并于上元二年（675）恢复四镇。为了加强对西域地区的有效控制，特别是针对南面虎视眈眈的吐蕃，上元二、三年（675-676）唐将丝路南道上的两个重镇-典合城和且末城改称为石城镇和播仙镇，并划入沙州辖内。此后，唐朝与吐蕃的争夺仍不断进行。仪凤年间（676-679），吐蕃再次攻陷安西四镇。调露元年（679），裴行俭收复失地，重立四镇，以碎叶代焉耆，切断吐蕃与西突厥的交往。武周初年，东突厥复兴，不断侵扰唐朝。吐蕃再次进攻安西四镇，垂拱二年（686），唐朝放弃四镇。长寿元年（692），王孝杰收复四镇，发汉兵三万人驻守，唐朝在西域的战斗力得到加强。此后一百年间，安西四镇建制稳定，唐朝一直控制西域。在唐朝争夺西域和经营西域的过程中，相当多的沙州兵奔赴前线。沙州和西州两地官员迁转也十分频繁，敦煌吐鲁番文献中多次出现沙州人任职西州和西州人任官敦煌的相关记载。由于唐朝的府兵制向募兵制逐步转化，所以在武周时沙州设豆卢军。景云二年（711）唐分陇右道，设河西道，置河西节度使，“其统有赤水、大斗、建康、玉门、墨离、豆卢六军，新泉守捉、甘州守捉、肃州镇守三使属焉”，治所凉州。此后河西军政日益发展，成为唐王朝兵精马壮的军事重地。
唐前期的敦煌，在长时间大一统的国力蒸蒸日上环境下，得到了充分的发展。唐王朝通过县、乡、里各级基层政权组织和完备的户籍制度对敦煌地区实行有效的管理和严密的控制。沙州下辖敦煌、寿昌二县，共十三乡，唐朝的各种制度有效地在敦煌实施，敦煌的生产稳步发展。水渠灌溉系统得到完善，敦煌城四周就有五条水系、84条水渠构成的水利网。此外，还配之以严密的官水配水之制度，设置专职官员和管理人员对水资源进行管理。耕地面积扩大，狭乡变宽乡。关于河西的屯田，《旧唐书·郭元振传》载：“大足元年，迁凉州都督、陇右诸军大使。先是，凉州封界南北不过四百余里，既逼突厥、吐蕃，二寇频岁奄至城下，百姓苦之。元振始于南境硖口置和戎城，北界碛中置白亭军，控其要路，乃拓州境一千五百里，自是寇虏不复更至城下。元振又令甘州刺史李汉通开置屯田，尽水陆之利。旧凉州粟麦斛至数千，及汉通收率之后，数年丰稔，乃至一匹绢籴数十斛，积军粮支数十年。”唐代从高宗、武后至玄宗时期，一直都在河陇地区大兴屯田，使敦煌农业得到了长足的发展。唐王朝还十分重视河西的畜牧业，并以一套严密的组织机构进行管理。商品经济繁荣，这里的市场上，有来自中原的丝绸、瓷器，也有来自西域的玉石、珍宝；有北方的驼马、毛织品，也有本地出土的五谷。敦煌的人口在天宝时也有三万余人，达到了前秦以来的又一个高峰。“是时中国盛强，自安远门西尽唐境万二千里，闾阎相望，桑麻翳野，天下富庶者无如陇右”的正是这一时期，这里的陇右是包括敦煌在内的。天宝十四年（公元755年），安禄山叛乱，唐王朝急调安西、北庭、河西兵屯陕，河西、陇右精锐遂被抽空，所留者兵单势弱。广德元年（763年），吐蕃乘机攻下大震关、尽陷兰（甘肃皋兰）、河（甘肃临夏）、廓（青海贵德）、鄯（青海西宁）、临（甘肃临洮）、岷（甘肃岷县）、秦（甘肃天水）、成（甘肃成县）、渭（甘肃陇西）等陇右之地，安西、北庭、河西与中原隔断，吐蕃沿祁连山北上，次第攻陷凉（甘肃武威）、甘（甘肃张掖）、肃（甘肃酒泉）、瓜（甘肃安西）各州。河西节度使杨休明、周鼎等节节西逃，退到沙州时，已无路可退了。此时河西路断，景象残破，沙州业已完全成为孤岛。此时唐王朝尚可借道回纥与安西、北庭保持联系，而沙州却无一为援。节度使周鼎面对这种情况，意图置数万沙州百姓安危于不顾，计划焚烧沙州城，从漠北东奔，这显然是既自私又不可行的。焚城所烧毁的不是一座普通的边陲小镇，而是一个有着近千年历史的东西方交通枢纽。焚城之想法只可能是存在于极少数非敦煌土著的唐朝官员中。东奔的计划也是不可行的。沙州城四五万人同时东奔回唐是不可能的，更多的沙州百姓只可能是被弃于绝境。即使是少数人东奔，成功的可能性也是很小的，宋衡就是个很好的例子，他带着二百多家眷东奔回唐，结果为吐蕃所获，只是因为吐蕃人慕其父宋璟之名才将他放回。所以宋衡东奔的成功因素实在是太偶然了。在这种情况下，沙州抵抗运动领袖阎朝缢杀周鼎，自领州事，继续组织民众抗击吐蕃贵族的围攻，一直坚持到贞元二年（786年）。沙州成为河西走廊抵抗到最后的一个州县。沙州，作为一个四五万人的弹丸小邑，孤立无援地对抗强大的吐蕃军队，英勇战斗坚持近十年之久，最后在粮械皆竭的情况下，迫不得已以“勿徙他境”的条件，保全了沙州地方，归降吐蕃。
五、吐蕃统治时期
吐蕃是藏族的前身，很早以前，就居住在青藏高原上。公元六七世纪之交，吐蕃在其杰出领袖松赞干布的领导下，建立了统一而强大的奴隶制国家。从755年到796年，是吐蕃赞普赤松德赞统治时期，也是吐蕃王朝有史以来国力最为强盛的时期。
吐蕃占领河、陇地区之后，首先面临的一个问题就是如何处理广大新占领区的民族关系。当时，吐蕃人、孙波人属于嫡系部队；吐谷浑人和党项人已被吐蕃收编，但仍有相当独立指挥系统的杂牌军；此外还有被征服的河西地区的汉人。从当时的实际情况看，汉人是河西地区的主要经济支柱。当吐蕃刚开始进入河西时，奴隶主政权在军事进攻的同时，横加劫掠，到处抢夺，子女玉帛，悉归帐下。当地百姓没有任何政治上的保障，从而造成了当时社会动荡不安。当吐蕃统治者能够有效地控制新占领区之后，一方面以强硬的措施消除社会上的不安定因素，镇压反抗势力，推行蕃化政策，清查户口，重新造籍；另一方面，重用当地唐朝旧官望族，严禁掳掠汉族百姓。劫掠惯了的吐蕃人，仍以胜利者的姿态对待汉户，就是对编入部落中的汉户，也照旧为所欲为，制造新的混乱。瓜沙大族虽然在当地依然影响很大，但汉人的社会地位低于吐蕃人，甚至低于一些同样被吐蕃征服的少数民族。
在吐蕃统治初期，民族矛盾尖锐。吐蕃统治者用“置毒靴中”的暗杀手段，处置了抵抗运动的领导人阎朝，但沙州人民没有屈服，反蕃斗争此起彼伏，从未间断。其中较为有名的是玉关驿户起义，汜国忠等人于深夜杀入沙州子城，吐蕃节儿投火自焚。这次起义带有浓郁的反民族压迫的色彩，起义者“遂谋杀蕃官是实”。面对这种情况，吐蕃统治者为了维护长久其统治，不得不改变统治方式，争取新占领区的百隆，积极与当地世家大族合作，采取较为缓和的统治政策。此后，社会才相对稳定。吐蕃统治者还从生活习惯和文化传统上推行蕃化政策，企图借此来消除民族隔阂，进而消除人民的反蕃情绪。吐蕃占领敦煌初期，尚乞心儿便让沙州人民改易穿著、学说蕃语、赭面纹身。《张淮深碑》载：“河洛沸腾，……并南蕃之化，……抚纳降和，远通盟誓，析离财产，自定桑田。赐部落之名，占行军之额。由是行遵辫发，体美织皮，左衽束身，垂肱跪膝。祖宗衔怨含恨，百年未遇高风，屈申无路。”《阴处士修功德记》中也有“熊罴爱子，拆襁褓以文身；鸳鸯夫妻，解鬟钿而辫发”之语。由此可见，吐蕃统治者在敦煌地区以强硬的措施迫使汉人说蕃语、左衽而服、辫发、纹身，甚至从婴儿就开始做起。其目的是想从语言、风俗、传统等民族间的明显差别上消除隔阂，达到长治久安的效果。而且，吐蕃的蕃化政策不仅限于敦煌一地，而是在整个河西地区推行。但这些政策并没有消除汉族人民对吐蕃的痛恨和对大唐的怀念。在刘元鼎出使吐蕃的时候，在龙支城，耋老千人拜而泣，问天子安否，称“顷从军没于此，今子孙未忍忘唐服，朝廷尚念之乎？兵何日来？”沙州汉人虽胡服臣虏，“每岁时祀父祖，衣中国之服，号恸而藏之”;。
为了巩固统治，吐蕃在河陇地区设五个通颊万户部落和一个德论进行管辖；并设立一系列军镇用以镇守。吐蕃占领敦煌后，首先设置了一套完整的职官系统（即节度使-乞利本-节儿-都督、监军-部落使-判官）来统治河西瓜沙地区，由于敦煌地区的居民成份以汉人为主，故吐蕃为了进行有效的统治，在任用吐蕃人官员的同时，还任用汉人为辅助官员。吐蕃统治者正是用了这种双轨制的职官体系，才得以在河西地区维持上百年的统治。敦煌从军镇体制上属瓜州，在吐蕃时期仍称为沙州，但只是一个城，其城主称为“节儿”。吐蕃占领敦煌之后，对敦煌进行了许多变革。790年，吐蕃按其本身的制度，将沙州百姓按职业分成若干个部落，如“丝绵部落”、“行人部落”、“僧尼部落”、“道门亲表部落”。一个部落大致辖原来的一个乡，而其内部的组织情况，与吐蕃本部的部落制相似。部落有部落使，下设将，将有将头。其最基本的单位是千户（部落），千户之下是小千户（即五百户组织），设小千户长一人。小千户之下为百户（将），百户长称“勒曲堪”，最后是十户组织，十户长称“勒堪”。820年前后，增置军事系统的阿骨萨（纥骨萨）、悉董萨（思董萨或丝董萨）部落（上、下部落）。824年，又增置通颊军部落。吐蕃改变了敦煌的军政管辖体制，虽然是为了加强统治，具有重要的军事因素；但从内部组织上看，其经济因素也很重要，即为了征收“突税差科”。因此，“部落-将”制，并非单纯的军事组织机构，乃是集政治、军事、经济三位一体的组织系统，即官府户籍制度。吐蕃统治时期的户口登记是十分详细的，家庭成员的出生、死亡、出家、嫁娶都有详细的记载。吐蕃统治时期，改变了唐代前期实行的均田制，实行突田制。突田制的详细情况我们不得而知，只能从敦煌文书中窥其一斑。突作为土地的计量单位，一突等于十亩。计口授田，大体上是每人一突，即十亩。土地税被称为“突田”，交纳“突田”被称为“纳突”。吐蕃在河西所实行的赋税制度，除保留旧有的奴隶制成份外，主要吸收唐及所占领地区的赋税制度，并设有“税务官”、“税吏”来执行任务。交纳的物品有小麦、青麦、布、油等，按户交纳。突田制下的百姓除了纳突之外，还有差科，即服官府的徭役，包括身役、知更、远使等。但吐蕃时期的社会经济发展缓慢，虽然继续计口授田，但部落编制不利于组织生产。僧尼的大量增加，减少了劳动人口。地子税和突税的征收，使百姓的负担大增。吐蕃统治者为了防止汉族百姓的反抗，将民间铁器全部收缴，严重影响了农业生产。唐朝的货币被废除，交易退回了以物易物。
吐蕃占领敦煌时期，也正处于吐蕃王朝的佛教前弘期，而敦煌又恰是当时的一个佛教中心，因此这里的佛教得到了保护。此外，不少不愿于吐蕃统治者合作的落蕃官员和世家大族中的人物，也投入空门寻求解脱。因此这时的沙州佛教空前繁荣，寺院从吐蕃统治前期的十三所增加到末期的十七所，僧尼从三百一十人增加到数千人，而当时的沙州总人口仅三万余人。在吐蕃统治者的扶持之下，寺院经济空前繁荣，敦煌的寺院和内地一样，有寺户和土地，不受官府管辖，享有种种特权。吐蕃奴隶主还抬高僧侣的地位，甚至让一些高僧直接参与政事。如悟真的师父洪辩，在吐蕃时代就是“知释门都法律兼摄行教授”；张议潮女婿李明振的叔父妙弁，常在吐蕃赞普左右参与政事，兼“临坛供奉”。此时敦煌佛教界名僧倍出，如一直留在敦煌的长安高僧昙旷，传授禅宗的摩诃衍，做了“蕃大德”的法成、悟真等都颇有影响。但在汉地禅宗向吐蕃本土传播的过程中，与印度教派发生了矛盾，由于引发了一场印度僧人与汉地僧人的宗教大辩论。根据王锡所撰《顿悟大乘正理决》的记载，摩诃衍在吐蕃王庭的弟子包括赞普的皇后、几位姨母、三十多位大臣的夫人和许多高僧，其弟子达五千多人。当印度僧人的渐门派与汉僧的顿门派产生矛盾时，印度僧人要求赞普诛杀汉僧，禁止布教，而汉僧摩诃衍则要求召开一次僧诤会。赞普采纳了摩诃衍的要求，但却特意将莲华戒大师从印度请来，以加强印度僧人的力量。另外，在人数上，印度僧人是三十人，汉僧只有三人。此次辩论的结果也有许多说法，但有一点是明显的，印度教派最终取得了在吐蕃本土的统治地位。吐蕃统治一直到唐大中二年（848）张议潮起义，与中原地区相比，敦煌躲过了唐朝的“会昌灭法”，使得敦煌佛教持续发展。
六、归义军时期
大中二年，张议潮率众起义，驱逐吐蕃，在敦煌建立了以汉人为主的政权。大中五年（851），唐王朝任命张议潮为归义军节度使，于敦煌置归义军政权。从此，直至宋仁宗景祐三年（1036）西夏灭归义军为止，除张承奉一度建立的西汉金山国和敦煌国之外，瓜、沙归义军政权在张、曹两大世家的统治下，共历一百八十余年。
张议潮，沙州人，其父张谦逸官至工部尚书。张议潮出生在吐蕃占领敦煌时期，他亲身经历了吐蕃人的残暴统治，因此在青年时代就忧国忧民。宪宗元和十年（815），17岁的张议潮抄下一首《无名歌》来表达对吐蕃统治的不满和对落蕃民众的同情。唐武宗会昌二年（842），吐蕃赞普郎达磨遇刺身亡，吐蕃王庭发生内乱，吐蕃本部的奴隶平民也发生起义。吐蕃原洛门川讨击使尚恐热横行河西，“大掠河西鄯、廓等八州，杀其丁壮，劓刖其羸老及妇人，以槊贯婴儿为戏，焚其室庐，五千里间，赤地殆尽”。尚恐热的暴行激起了河西人民的极大愤慨，也使他的部下离心离德，加之吐蕃国内正值灾荒，河、陇各地吐蕃兵防空虚。此时的唐王朝也决心收复河湟，并不断取得胜利。张议潮借此机会，“论兵讲剑，蕴习武经，得孙武、白起之精，见韬钤之骨髓。……知吐蕃之运尽，誓心归国，决心无疑”，终于举起了义旗。
张议潮在沙州广泛组织、团结各方面力量，其骨干主要来自敦煌的名门望族、释门教首及僧徒和豪杰义士三个方面；集众“募兵”，发动起义。大中二年（848），经过浴血奋战，张议潮起义军一举收复了沙州。于是立即题笺修表，差押高进达等入长安奏报，唐宣宗闻讯，慨然赞叹“关西出将，岂虚也哉”。其时，河西其他地区仍在蕃手，所以为了向唐王朝告捷，张议潮共派了十队使者携表奔赴长安，只有走东北道的一支使团在天德军防御使李丕的帮助下于大中四年抵京。到大中五年，张议潮又收复了肃、甘、伊等州，并派其兄张议谭等29人奉十一州图籍入长安告捷；至此，除凉州外，陷于蕃手近百年的河西故地重归大唐。
大中五年十一月，唐王朝于沙州设归义军，统领瓜沙十一州，授张议潮归义军节度使，十一州观察使。大中十二年八月，张议潮东征凉州，咸通二年，收复凉州。咸通四年，唐王朝复置凉州节度使，由张议潮兼领。从此，河西走廊又畅通无阻。但此时唐王朝国力日衰，并不能对河西进行有效的管辖和经营，河西又面临吐蕃、回鹘等部的威胁，使得经营河西的重任落在张议潮的肩上。经过长期的斗争，至咸通七年（866）十月，河西地区终于西尽伊吾、东接灵武，得地四千余里，户口百万之家，六郡山河，宛然而归。咸通八年，张议潮“束身归阙”，留居京师，咸通十三年卒于长安。
张议潮入朝后，其侄张淮深执掌河西归义军事务，但唐朝并不给淮深节度使旌节，此时西迁的回鹘侵扰甘、肃，甚至瓜州。乾符三年（876），西州回鹘攻占伊州。而张淮深屡次遣使唐朝，求授旌节均未能如愿。光启二三年（887），张淮深遣三批使者入唐求授旌节，唐朝不予，引起了瓜沙内部对张淮深的不满。文德元年（888）十月，唐朝最终授张淮深归义军节度使旌节，但归义军内部的矛盾已经激化。大顺元年（890），张淮深及夫人、六子同时被杀。张淮深的叔伯兄弟张淮鼎继任节度使，但大顺三年，淮鼎既卒，托孤子张承奉于索勋。索勋自立为归义军节度使，并得到唐朝的认可。乾宁元年（894），张议潮女即李明振妻张氏率诸子灭索勋，立侄张承奉为节度使，李氏三子分别任瓜、沙、甘三州刺史，执掌归义军实权。到895年底，李氏家族势力达到鼎盛，排挤张承奉而独揽了归义军大权。李氏家族的行为引起了一些瓜沙大族的反对，于是沙州出现了一场倒李扶张的政变。乾宁三年，张承奉夺回归义军实权，任归义军节度副使，但此时由于归义军内乱，归义军的辖境已缩至瓜、沙二州。光化三年（900）八月，唐朝授予张承奉归义军旌节，与于阗国的外交也获得了成功。
天复七年（907），张承奉在得知唐朝灭亡后，自称白衣帝，建立西汉金山国。“西”乃指其国所居之方位，它是以中国为坐标的；“汉”乃是言其国民族之属性；“西汉”连用，意为西部汉人之国。“金山”又名金鞍山，在敦煌西南，即今甘、青、新三省交界处之阿尔金山。金山国虽锐意进取，想收复失地，但在战争中屡遭失败。金山国建立的当年，回鹘多次对其进行打击，企图把金山国扼杀在摇篮里。有一次，敦煌东界的防线都被突破，回鹘军长驱直入，直抵敦煌城东安营扎塞。金山国天子则亲自披甲上阵，著名将领阴仁贵、宋中丞，张舍人等奋力应战，才把入侵的回鹘赶回甘州。911年，回鹘大举进攻金山国，金山国由于连年战争国力衰微，不得不与回鹘立城下之盟：回鹘可汗是父，金山国天子是子。从此，张承奉被迫取消“西汉金山国”国号和“圣文神武白帝”、“天子”之号，并在甘州回鹘的恩准下，屈尊降格而改建为诸侯郡国-敦煌国。张承奉对回鹘的臣服，使他丧失了在瓜沙地区的威望。
914年，曹议金（又名曹仁贵）取代张承奉，废金山国，去王号仍称归义军节度使。曹议金遣使甘州，娶回鹘可汗女为妻，又嫁女给甘州回鹘可汗，与其和亲。贞明四年（918），遣使后梁，受到封赠。同光三年（925），乘甘州回鹘汗位交替之机，进行征讨，使其屈服。新立的回鹘可汗娶曹议金之女，成为曹议金的子婿。由于曹议金对内对外关系处理的得当，此时的归义军实力有所恢复。长兴二年（931），曹议金号称“令公”、“拓西大王”，归义军成为独立王国。934年，曹议金女下嫁于阗王李圣天。
清泰二年（935），曹议金卒，其子曹元德继位。沙州入朝中原的使臣在甘州被劫，归义军与甘州回鹘的关系破裂。天福四年（939），曹元德卒，弟曹元深继位，曹议金妻、回鹘夫人掌握归义军实权，称“国母”。沙州使臣随后晋册封于阗王的使团入朝，并与甘州回鹘修好。
天福九年（944），曹元深卒，弟曹元忠即位。曹元忠是归义军节度使中统治时间最长的一位，也是文化比较昌盛的一个时期。曹元忠积极发展与周边民族的关系，并与中原的后晋、后汉、后周和北宋保持联系，使瓜州地区得以稳定发展。开宝三年（970），于阗与信奉伊斯兰教的黑韩王朝发生战争，于阗王曾写信向归义军求援。开宝七年（974），曹元忠卒，侄曹延恭即位。九年（976），曹延恭卒，弟曹延禄即位。曹元忠以后的归义军政权开始逐步衰落。东西方两支回鹘势力不断侵扰敦煌，归义军辖内也出现了矛盾。咸平五年（1002），瓜沙军民不满曹延禄的统治，围攻军府，曹延禄及弟延瑞自杀，族子曹宗寿即位。宋朝承认了曹宗寿，此时，归义军开始与辽朝通使。大中祥符七年（1014），曹宗寿卒，子曹贤顺即位。1036年，西夏攻占沙州，归义军政权基本结束。
归义军政权时的内政，主要是恢复或改变旧制。归义军政权建立后，即取消了吐蕃时期的部落、将制，恢复重建唐前期的州县乡里制。开始时恢复的是10个乡，另外新出现一个赤心乡，共11个乡，即敦煌乡、莫高乡、神沙乡、平康乡、龙勒乡、玉关乡、洪池乡、洪闰乡、效谷乡、赤心乡、慈惠乡。这只是归义军前期敦煌诸乡的基本情况，实际上这一时期敦煌县乡的建置要更为复杂。此后，还出现了通颊乡和退浑乡。在土地制度方面，归义军政权建立之初，就开始调查人口、土地，分配无主荒地，尽可能地恢复唐制。唐中叶以后，土地私有制迅速发展。归义军时期的私有土地包括官僚地主占地、寺田和小自耕农的民田。私有土地的发展主要是通过请射和买卖两个途径实现的。此外，这时的土地所有者之间可以任意对换土地。在赋税制度方面，归义军政权在重新登记人口和调整土地的基础上，还制定了新的赋税制度，即据地出税的制度，主要包括地子、官布和柴草三项。这些对内的统治政策既体现着当时唐宋时期的共同特征，也具有归义军政权的自身特点。
七、西夏元明清时期
唐朝后期活动在今陕、甘、宁的党项族，北宋初年在首领李继迁的率领下，与宋王朝进行对抗。1002年，李继迁攻下灵州，称西平府，迁都于此。1004年，李继迁卒，子德明即位，与宋议和，并把目标转向河西走廊。1028年，灭甘州回鹘；1030年，瓜州王以千骑降。宋仁宗景祐三年（1036），西夏攻占敦煌，设瓜州西平监军司管辖此地。西夏的地方行政组织也分州（府、军）、县（城、堡）二级制，敦煌仍称沙州。当时的西夏，主要是东向与宋、辽争战，无暇西顾。所以这时西夏对沙州的控制还很薄弱，沙州地方首领还保持着一定的独立性，甚至于归义军的使臣仍向宋朝贡了七次，这说明在西夏统治沙州的很长一段时间内，归义军仍有很大的势力。
1038年，李元昊称帝，建大夏国，史称西夏。大概在1052年以后，西夏加强了对瓜沙二州的直接控制。1062年，西夏惠宗为了和北宋进行战争，西夏曾向东迁徙敦煌民众，使敦煌受到很大的削弱。1109年，瓜、沙、肃三州发生饥荒，百姓流亡他乡。此后，随着海上交通的发展及陆上丝路的衰落，敦煌失去了丝路贸易中转站的地位。
蒙古兴起后，出征西夏。1205年，侵扰瓜沙地区。1224年，蒙古骑兵围攻沙州半年。1227年3月，蒙古汗国占领敦煌，废弃沙州建置，划入八都大王的封地，即归入成吉思汗长孙拔都的封地。同年6月，蒙古灭西夏。
1271年，元朝建立后不久，马可波罗途经沙州。1277年，元朝统一中国后，为了加强中央集权，实行行中书省制度。地方行政组织有省、路、府、州、县各级，元朝重设沙州，隶肃州，归元朝中央政府管辖，授当地百姓田种、农具。1280年，沙州升格为路，设总管府，统瓜沙二州，直接肃属于甘肃行中书省。《元史·地理志》载：“沙州路……元太祖二十二年，破其城，以隶八都大王。至元十四年复立州，十七处升为沙州路总管府，瓜州隶焉。”其下注曰：“沙州去肃州千五百里，内附贫民，欲乞粮沙州，必须白之肃州，然后给予，朝迁廷以其不便，故升沙州为路。”元成宗时，为开发河西，曾在敦煌等地实行屯田，大德七年（1303），御史台臣言：“瓜、沙二州，自昔为边镇重地，今大军屯驻甘州，使官民反居边外，非宜。乞以蒙古军万人分镇险隘，立屯田以供军实，为便。”敦煌成为元朝与西北藩王斗争的重要基地。但元朝西向的交通要道已不再通过敦煌，敦煌在地理上失去了以往的优势。1291-1292年，元朝移瓜沙州居民入肃州，敦煌的地位日趋衰微。
1368年明朝建立。1372年，明将冯胜经略河西，取得初步胜利，但敦煌仍在元朝残部的控制之下。为了防止蒙古东进，冯胜在肃州西七十里处建嘉峪关，成为明朝西部边关，敦煌被弃置关外。1391年，明朝出兵哈密，沙州蒙古王子归顺明朝。1404年，明朝设沙州卫，仍用蒙古后裔统辖。1446年，沙州内乱，明将任礼率军入沙州，把沙州卫属下二百余户迁入关内，沙州仍由蒙古后裔占据。以后吐鲁番势力强大，1515年攻沙州蒙古，1528年占领沙州。1524年，明朝关闭嘉峪关，1529年放弃哈密。敦煌在明朝初年就已成为牧区，至此更甚。
1644年明亡，清兵入关，定都北京。康熙时平定新疆。1723年，雍正帝在敦煌设沙州所，1725年升格为卫，并迁2400余户来此屯田。沙州旧城被水冲毁，此时在东面筑新城。乾隆二十年（1760），改沙州卫为敦煌县，隶安肃道。敦煌在清朝时通过移民、屯田、垦荒等措施略有恢复，但没有太大起色。
八、解放后时期
1949年9月28日敦煌解放。同年10月7日成立敦煌县人民政府，属酒泉地区管辖。1987年9月28日经国务院批准，撤销敦煌县，设立敦煌市。敦煌市隶属酒泉市，现辖9镇，总人口20万人，城市化率达68.45%。总人口中汉族占绝大多数，回、蒙、藏、维吾尔、苗、满、土、哈萨克、东乡、裕固等27个少数民族仅占总人口的2.2%。沙州镇为市委、市政府所在地，是全市政治、经济、文化的中心。城西7公里处的七里镇是一座新型的石油城，现为青海石油管理局机关所在地和青海油田后勤生活基地。