敦煌世界地质公园共划定6个地质遗迹保护区。面积179.05平方千米,占公园面积约8.21%。根据地质遗迹保护区内的地质遗迹稀有程度和观赏程度的不同,又将公园地质遗迹保护区分为特级、一级、二级、三级保护区,保护区面积分别为0.14平方千米、4.28平方千米、45.57平方千米和129.06平方千米。
一、特级保护区
共1个特级地质遗迹保护区,总面积0.14平方千米,占公园面积0.01%。
(一)月牙泉特级地质遗迹保护区(T),面积0.14平方千米,占公园面积0.01%。主要保护世界级地质遗迹景观月牙泉及泉域。
二、一级保护区(点)
共1个一级地质遗迹保护区,总面积4.28平方千米,占公园面积0.20%。
(一)黑戈壁一级地质遗迹保护区(Ⅰ),面积4.28平方千米,占公园面积0.20%。主要保护黑戈壁的西海舰队(垄岗状雅丹)等垄岗状雅丹地貌。
三、二级保护区
共2个二级地质遗迹保护区,总面积45.57平方千米,占公园面积2.09%。
(一)黑戈壁二级地质遗迹保护区(Ⅱ-1),面积36.07平方千米,占公园面积1.65%。主要保护雅丹景区北部的雅丹体及戈壁地貌。
(二)鸣沙山二级地质遗迹保护区(Ⅱ-2),面积9.50平方千米,占公园面积0.44%。主要保护鸣沙山中北部沙山及沙丘。
四、三级保护区(点)
共2个三级地质遗迹保护区,总面积129.06平方千米,占公园面积5.92%。
(一)黑戈壁三级地质遗迹保护区(Ⅲ-1),面积71.18平方千米,占公园面积3.26%。主要保护雅丹景区南部的雅丹体和黑戈壁砾浪等戈壁地貌。
(二)鸣沙山三级地质遗迹保护区(Ⅲ-2),面积57.88平方千米,占公园面积2.64%。主要保护鸣沙山中南部沙山及沙丘。